Bien qu'elle soit protégée, ses populations continuent à régresser ou peinent à se stabiliser. Un suivi (monitoring) aux Pays-Bas par colliers radio-émetteurs a montré que la première cause de mortalité des loutres dans ce pays était la route ; les loutres sont souvent tuées ou blessées par des véhicules lorsqu'elles tentent de traverser des routes. Elles sont aussi victimes de la pollution (de l'eau et/ou des toxiques bioaccumulés par leurs proies) et de la disparition des zones humides.