PHOTO : Carapace de tortue.

Ces deux parties sont réunies latéralement par deux ponts osseux, et il reste donc une ouverture à l'avant pour laisser passer la tête et les pattes antérieures, et une ouverture à l'arrière d'où sortent les pattes postérieures et la queue. La carapace est constituée de plaques osseuses soudées au squelette de l'animal, et est recouverte d'écailles en kératine sur sa face externe.
Chez les tortues terrestres, la carapace est particulièrement massive et peut représenter deux tiers du poids total de l'animal. Elle sert à la fois de bouclier, à maintenir une partie la chaleur interne de l'animal et à stocker le calcium.

L'organisation des organes des tortues correspond de manière générale à celle des vertébrés. Quelques différences sont néanmoins à souligner : elles n'ont pas d'oreille externe (les oreilles internes sont situées derrière les yeux), pas de dents (remplacées par un bec) et ont un cloaque. Le cœur des tortues possèdent trois cavités (deux oreillettes et un ventricule), il est plutôt plat, large et sa pointe est arrondie. L'appareil respiratoire de la tortue et l'un des plus évolués parmi les reptiles. Elle possède en effet une glotte, un larynx, un pharynx et une trachée (composée d'anneaux cartilagineux). Elles possède deux poumons possédant de nombreux replis et situés sous la dossière, ce qui explique pourquoi une tortue sur le dos peut mourir d'étouffement. Le système digestif est assez classique avec un foie volumineux. Comme les autres reptiles, les tortues sont recouvertes d'écailles.